За труды на благо Церкви Христовой святитель Иона удостоился от Бога благодатного дара чудотворений и прозорливости. В 1451 году татары неожиданно подступили к Москве, сожгли окрестности и готовились к нападению на город. Митрополит Иона с клиром совершал крестный ход по стенам города, со слезами моля Бога о спасении града и людей. Увидев престарелого монаха Антония, инока Чудова монастыря, который отличался добродетельной жизнью, святитель Иона сказал: «Сын и брат мой Антоний! Помолись милостивому Богу и Пречистой Богородице об избавлении города и всех православных христиан». Смиренный Антоний ответил: «Великий святитель! Благодарим Бога и Пречистую Его Матерь: услышала Она молитвы твои и умолила Сына Своего, город и все православные христиане будут спасены по твоим молитвам. Враги скоро будут побеждены. Только мне одному суждено от Господа быть убитому врагами». Едва старец сказал это, как вражеская стрела пронзила его.
Предсказание старца Антония сбылось: 2 июля, в праздник положения Ризы Пресвятой Богородицы, в рядах татар произошло смятение, и они в неведомом страхе и ужасе обратились в бегство. Святитель Иона вскоре построил на своем дворе храм в честь положения Ризы Пресвятой Богородицы в память избавления Москвы от врагов.
Блаженная кончина святителя Ионы последовала в 1461 году. При гробе Святителя стали совершаться многочисленные исцеления.
В 1472 году мощи святого митрополита Ионы были обретены нетленными и положены в Успенском соборе Кремля (празднование перенесения святых мощей совершается 27 мая). Собор Русской Церкви 1547 года установил праздновать святителю Ионе, митрополиту Московскому, особую память. В 1596 году Патриарх Иов установил празднование святителю Ионе в соборе других Московских Святителей, 5 октября.
Величание святителям Московским
Величаем вас,/ святителие Христовы/ Петре, Алексие, Ионо, Филиппе и Ермогене,/ и чтим святую память вашу:/ вы бо молите за нас// Христа Бога нашего.
Молитва святителю Ионе, митрополиту Московскому и всея Руси
О, всехвальный святителю Христов и чудотворче Ионо! Приими сие малое моление от нас грешных, к тебе прибегающих, и теплым твоим предстательством умоли Господа и Бога нашего Иисуса Христа, яко да, призрев на ны милостивно, дарует нам согрешений наших вольных и невольных прощение, и по велицей Своей милости избавит нас от бед, печалей, скорби и болезней душевных и телесных, обдержащих нас; да подаст земли плодоносие, и вся, яже на пользу настоящаго жития нашего потребная; да дарует нам скончати житие сие привременное в покаянии, и да сподобит нас грешных и недостойных Небеснаго Царствия Своего, со всеми святым и славити Его безконечное милосердие, со Безначальным Его Отцем и Святым и Животворящим Его Духом, во веки веков. Аминь.